اعتقل عمرو العقيد بتاريخ 15 ديسمبر 2012، وحُكِم عليه بسنة، وبعد انقضاء محكوميته تم تدويره على ذمة عدة قضايا جديدة بعد أحداث يوليو 2013، ومؤخراً أيدت محكمة النقض الحكم الصادر بحقه من محكمة الجنايات بالسجن المؤبد فى القضية المعروفة إعلاميا بالتخابر مع حماس، ويقبع العقيد حالياً في سجن بدر المركزي الجديد، حيث يتعرض للتنكيل هناك من قبل إدارة السجن، وتم تسريب أخبار من هناك تفيد بمحاولته الانتحار من خلال قطع شرايين يده كما تم تجريد زنزانته من محتوياتها، فضلاً عن تعرضه في إبريل 2023 للتعذيب والصعق بالكهرباء وإيداعه في غرفة التأديب إزاء محاولة تدخله لمنع الاعتداء على أحد زملائه في السجن.