تم القبض عليه بتاريخ 7 فبراير 2020 من مطار القاهرة عقب عودته من ايطاليا، تم اخفائه لمدة 24 ساعة ثم ظهر في نيابة المنصورة على ذمة القضية رقم 7245 لسنة 2020 بتهمة نشر أخبار كاذبة والتحريض على التظاهر وقلب نظام الحكم. تم احالته في سبتمبر 2021 للمحاكمة بعد أن قضى نحو عام ونصف قيد الحبس الاحتياطي. ويحاكم باتريك على خلفية مقال رأي نشره منذ نحو عامين ينتقد فيه ما يتعرض له أقباط مصر من تهجير وقتل وتضييق. كانت جامعة بولونيا بإيطاليا ومنظمة العفو الدولية والخارجية الإيطالية والبرلمان الأوروبي، قد طالبت، في وقت سابق، بإخلاء سبيل باتريك فوراً، وفي ديسمبر 2021 تم اخلاء سبيله واستمرار محاكمتة. قررت محكمة جنح أمن الدولة طوارئ قسم ثان المنصورة تأجيل القضية رقم 1086 لسنة 2021 جنح أمن الدولة طوارئ، والمتهم فيها باتريك جورج، الباحث بالمبادرة المصرية للحقوق الشخصية، إلى 9 مايو المقبل.

في جلسة 9 مايو تم تسليم مذكرة الدفاع و كل المستندات من قبل فريق الدفاع لقاضي الجلسة والمطالبة بتحديد جلسة للنطق بالحكم مع إخلاء سبيلي، بناءا علية قرر القاضي تأجيل نظر الدعوة ل ١٨ يوليو لحين حضور قاضي الجلسة الرئيسي نتيجة لتغيبه.

في 18 يونيو قال الباحث باتريك جورج، إنه تقدم بطلب جديد للنائب العام للمطالبة بالسماح له بالسفر إلى دولة إيطاليا لحضور مراسم مناقشة رسالته للماجستير أمام جامعة بولونيا، بعدما تحدد له أحد أيام الأسبوع الأول من شهر يوليو المقبل.

تجاهل النائب العام الرد على الطلب الذي تقدم ه تحت رقم 34669 لسنة 2023 عرائض مكتب فنى والذي تقدم به الباحث والناشط الحقوقي باتريك جورج لرفع اسمه من على قوائم الممنوعين من السفر، ليتمكن من السفر إلى إيطاليا خلال الفترة من 4 - 7 يوليو القادم، لمناقشة رسالة الماجستير بجامعة بولونيا . واعلن باتريك اليوم 5 يوليو عدم قدرته على السفر واستمرار منعه مما اجبره على مناقشه رسالة الماجيستير عن بعد عبر الفيديو كما اعلن حصوله على درجة الماجستير بامتياز مع مرتبة الشرف “ وقال عبر صفحته الشخصية " امتياز مع مرتبة الشرف من جامعة بولونيا، كنت أود أن أكون متواجد بين استاذتي وزملائي إلا أن ذلك لن ينقص من فرحتي بالوصول الي تلك النقطة في مستقبلي الأكاديمي. ممتن لكل مشاعركم الطيبة والدعم الذي لا يتوقف اهدي تلك الفرحة اليوم لزملاء شاركوني وشاركتهم أحلامنا بليالي كهذه تشعرك بوجودك مرة اخر و تضفي بصيص من الفرحة علي نفسك، اتمني ان تسنح لهم الفرصة بتحقيق كل ما تمنوا و قاوموا وحشة الحبس من أجل تحقيقه في اقرب وقت.

اليوم 18 يوليو 2023 صدر حكم بالسجن ثلاث سنوات على #باتريك_جورج زكي الباحث بالمبادرة المصرية للحقوق الشخصية من محكمة أمن الدولة الطوارىء في القضية رقم 1086 لسنة 2021 جنح أمن الدولة طوارئ على خلفية مقال رأي منشور عام ٢٠١٩ والحكم غير قابل للاستئناف أو النقض. تم القبض على باتريك في المحكمة تمهيدا لنقله إلى قسم شرطة جمصة .

في 19 يوليو 2023 تقدم محامو المبادرة المصرية للحقوق الشخصية اليوم لمكتب النائب العام المستشار حمادة الصاوي حيث قدموا بلاغًا جديدًا يطالبه بإصدار أمر بإخلاء السبيل الفوري لباتريك جورج زكي، الباحث بالمبادرة المصرية للحقوق الشخصية، والمحتجز حاليًا بمديرية أمن الدقهلية دون وجه حق وبالمخالفة لنص الدستور والقانون. وقيد البلاغ برقم 39885 لسنة 2023. كما أوضح البلاغ أن احتجاز باتريك يخالف التعليمات الصادرة عن النائب العام ذاته، حيث نص الكتاب الدوري للنيابة العامة رقم 10 لسنة 2017 الصادر فى 2017/11/28 بشأن تنفيذ الأحكام الصادرة من محاكم أمن الدولة طوارئ، على أنه "إذا قدم المتهم للمحاكمة مفرجاً عنه وقضى عليه بعقوبة مقيدة للحرية فيجب إخلاء سبيله فورًا دون تنفيذ العقوبة انتظارًا لما سوف تقرره جهة التصديق بشأن الحكم الصادر ضده".

في 19 يوليو 2023 أصدر الرئيس عبد الفتاح السيسي رئيس الجمهورية، قرارا جمهوريا بالعفو عن مجموعة من الصادر بحقهم أحكام قضائية، ومنهم باتريك زكي.