في ساعة مبكرة من صباح يوم الأربعاء الموافق 17 يونيو 2020 ، داهم ضباط شرطة بالملابس الرسمية وعناصر الأمن الوطني بالملابس المدنية شقة الدكتور عماشة الواقعة في المبنى الأزرق بحي الدواجن بمدينة حلوان بمحافظة القاهرة ، واعتقلوه واقتاده إلى مكان مجهول ، مما عرضه للاختفاء القسري. يوم الأحد 12 يوليو 2020 ، بعد 25 يومًا من الاختفاء ، تم إحضار الدكتور عماشة أخيرًا واستجوابه أمام نيابة أمن الدولة في القضية رقم. 1360 / 2019 بتهمة الانضمام لجماعة إرهابية وتمويلها. ثم اقتيد إلى سجن المزرعة بمجمع سجون طره حيث لا يزال رهن الحبس الاحتياطي.